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Sektion Translationale Krebsepigenomik

Überblick

Epigenetische Muster ermöglichen es den zahlreichen, grundverschiedenen Zelltypen unseres Körpers, die in der DNA gespeicherte Information spezifisch zu interpretieren und situationsgerecht abzulesen. Epigenetische Prozesse regulieren also dynamisch die zellulären Differenzierungsprozesse während der Embryonalentwicklung bis hin zum adulten Organismus, sie sind aber gleichzeitig auch für homöostatische Prozesse von entscheidender Bedeutung.



Das Team der Sektion

Die koordinierte Programmierung der epigenetischen Landschaft ist also für eine intakte Differenzierung von entscheidender Bedeutung und garantiert die Etablierung stabiler Zellphänotypen als Resultat der Differenzierungsprozesse. Durch ihre grundsätzliche Reversibilität eröffnen epigenetische Markierungen dem Organismus jedoch gleichzeitig die Möglichkeit einer dynamischen Anpassung an sich verändernde Umweltbedingungen. Das Epigenom einer Zelle integriert also unter physiologischen Bedingungen Informationen zur Zellidentität bzw. -funktion sowie zu gegenwärtigen oder zurückliegenden Umwelteinflüssen und zum Alter der Zelle. Bei vielen Krankheitsbildern lassen sich erhebliche Veränderungen des Epigenoms beobachten. Dies ist unter anderem bei den meisten Krebserkrankungen der Fall.

In unserer Gruppe erforschen wir die epigenetische Regulation normaler und maligner Differenzierungsprozesse. Zu diesem Zweck setzen wir modernste Techniken inklusive Einzelzellverfahren zur Genom-, Epigenom- und Transkriptom-Analyse ein (z. B. Whole-Genome Bisulfite Sequencing, ATAC-seq, ACT-seq, RNA-seq, scM&T-seq), um epigenetische Muster und deren Dynamik in der normalen Hämatopoese sowie bei hämatopoetischen Neoplasien zu analysieren. Darüber hinaus untersuchen wir die funktionellen und epigenetischen Konsequenzen einer dysregulierten Expression von Onkogenen und epigenetischen Modulatoren anhand mehrerer in vitro und in vivo Modelle.

Das so gewonnene Wissen ermöglicht uns ein tiefgreifendes Verständnis der malignen Transformation und wie diese verhindert oder therapeutisch rückgängig gemacht werden kann.

Im Rahmen des NCT MASTER Programms (https://www.nct-heidelberg.de/forschung/molecular-stratification/master.html) sowie in enger Kooperation mit klinischen Studiengruppen, wie beispielsweise der EWOG-MDS Studiengruppe (https://ewog-mds-saa.org/), nutzen wir die Zelltypspezifität der epigenetischen Muster für präzisionsonkologische Fragestellungen. Hierbei liegt unser Schwerpunkt auf der Entwicklung und Validierung neuer diagnostischer, prognostischer und prädiktiver Biomarker, die eine präzise Diagnostik bzw. eine gezielte, risikoadaptierte Therapie ermöglichen.

  • Juvenile myelomonozytäre Leukämie (JMML)
  • Epigenetische Regulation der normalen Hämatopoese
  • Epigenetische Veränderungen bei klonaler Hämatopoese und Präleukämie
  • Tumorklassifikation mittels DNA-Methylierungsanalysen


Sektionsleiter

Priv.-Doz. Dr. med. Daniel Lipka

Priv.-Doz. Dr. med. Daniel Lipka



Postdoktoranden

Dr. rer. nat. Mark Hartmann

Dr. rer. nat. Mark Hartmann



Dr. rer. nat. Maximilian Schönung



Doktoranden



Anna Maria Dobberkau

Anna Maria Dobberkau
MD Studentin



Mariam Hakobyan

Mariam Hakobyan
PhD Studentin



Panna Lajer
PhD Studentin



Stephen Krämer

Stephen Krämer
PhD Student;
zusammen mit der DKFZ Abteilung „Bioinformatik und Omics Datenanalyse“





Studierende

Jana Gramer

Praktikantin



Franziska Oberhammer
Masterstudentin



Hannah Rohdjeß
Masterstudentin



Lea Vogt
Masterstudentin





Alumni

  • Valentin Maurer (Masterstudent)
  • Qi An (PhD Studentin)
  • Emely Kleinert (Technische Mitarbeiterin)
  • Dr. rer. nat. Sina Stäble (PhD Studentin & Postdoktorandin)
  • Carlotta Brüggen (Bachelor Studentin)
  • Dr. rer. nat. Jens Langstein (PhD Student)
  • Dr. rer. nat. Justyna Wierzbinska (PhD Studentin & Postdoktorandin)
  • Oliver Mücke (Technischer Mitarbeiter)
  • Katharina Mauel (Wissenschaftliche Hilfskraft)
  • Stephanie Schmitz (Praktikantin)
  • Hannah Wieler (Praktikantin)
  • Menna Mubarak (Praktikantin)
  • Jeyan Jayarajan (Masterstudent)
  • Umut Kilik (Masterstudent)
  • Julia Meßmer (Praktikantin)
  • Pirmin Killinger (Bachelor Student)


« Alle aktuellen Publikationen auf PubMed

2023:

  • Weichenhan, D., Riedel A., Meinen C., Basic A., Toth R., Bahr M., Lutsik P., Hey J., Sollier E., Toprak U.H., Kelekci S., Lin Y.Y., Hakobyan M., Touzart A., Goyal A., Wierzbinska J.A., Schlesner M., Westermann F., Lipka D.B.Plass C. "Translocation t(6;7) in AML-M4 cell line GDM-1 results in MNX1 activation through enhancer-hijacking." Leukemia. (2023) 37(5):1147-1150.
  • Schonung, M., Hartmann M., Kramer S., Stable S., Hakobyan M., Kleinert E., Aurich T., Cobanoglu D., Heidel F.H., Frohling S., Milsom M.D., Schlesner M., Lutsik P.Lipka D.B. "Dynamic DNA methylation reveals novel cis-regulatory elements in mouse hematopoiesis." Exp Hematol. (2023) 117:24-42 e27.
  • Manoochehri, M., Borhani N., Gerhauser C., Assenov Y., Schonung M., Hielscher T., Christensen B.C., Lee M.K., Grone H.J., Lipka D.B., Bruning T., Brauch H., Ko Y.D.Hamann U. "DNA methylation biomarkers for noninvasive detection of triple-negative breast cancer using liquid biopsy." Int J Cancer. (2023) 152(5):1025-1035.
  • Hey, J., Halperin C., Hartmann M., Mayer S., Schonung M., Lipka D.B., Scherz-Shouval R.Plass C. "DNA methylation landscape of tumor-associated macrophages reveals pathways, transcription factors and prognostic value relevant to triple-negative breast cancer patients." Int J Cancer. (2023) 152(6):1226-1242.

 

2022:

  • Zioni, N., Bercovich A., Chapal-Ilani N., Solomon A., Kopitman E., Sacma M., Hartmut G., Scheller M., Müller-Tidow C., Lipka D., Shlush E., Minden M., Kaushansky N.Shlush L.I. "Inflammatory signals from fatty bone marrow supports the early stages of DNMT3a driven clonal hematopoiesis." bioRxiv. (2022):2022.2001.2013.476218.
  • Weichenhan, D., Lipka D.B., Lutsik P., Goyal A.Plass C. "Epigenomic technologies for precision oncology." Semin Cancer Biol. (2022) 84:60-68.
  • Niger, M., Nichetti F., Casadei-Gardini A., Morano F., Pircher C., Tamborini E., Perrone F., Canale M., Lipka D.B., Vingiani A., Agnelli L., Dobberkau A., Hullein J., Korell F., Heilig C.E., Pusceddu S., Corti F., Droz M., Ulivi P., Prisciandaro M., Antista M., Bini M., Cattaneo L., Milione M., Glimm H., Kohler B.C., Pruneri G., Hubschmann D., Frohling S., Mazzaferro V., Pietrantonio F., Di Bartolomeo M.de Braud F. "MGMT inactivation as a new biomarker in patients with advanced biliary tract cancers." Mol Oncol. (2022) 16(14):2733-2746.
  • Jahn, A., Rump A., Widmann T.J., Heining C., Horak P., Hutter B., Paramasivam N., Uhrig S., Gieldon L., Drukewitz S., Kubler A., Bermudez M., Hackmann K., Porrmann J., Wagner J., Arlt M., Franke M., Fischer J., Kowalzyk Z., William D., Weth V., Oster S., Frohlich M., Hullein J., Valle Gonzalez C., Kreutzfeldt S., Mock A., Heilig C.E., Lipka D.B., Mohrmann L., Hanf D., Oles M., Teleanu V., Allgauer M., Ruhnke L., Kutz O., Knurr A., Lassmann A., Endris V., Neumann O., Penzel R., Beck K., Richter D., Winter U., Wolf S., Pfutze K., Georg C., Meissburger B., Buchhalter I., Augustin M., Aulitzky W.E., Hohenberger P., Kroiss M., Schirmacher P., Schlenk R.F., Keilholz U., Klauschen F., Folprecht G., Bauer S., Siveke J.T., Brandts C.H., Kindler T., Boerries M., Illert A.L., von Bubnoff N., Jost P.J., Metzeler K.H., Bitzer M., Schulze-Osthoff K., von Kalle C., Brors B., Stenzinger A., Weichert W., Hubschmann D., Frohling S., Glimm H., Schrock E.Klink B. "Comprehensive cancer predisposition testing within the prospective MASTER trial identifies hereditary cancer patients and supports treatment decisions for rare cancers." Ann Oncol. (2022) 33(11):1186-1199.
  • Mohrmann, L., Werner M., Oles M., Mock A., Uhrig S., Jahn A., Kreutzfeldt S., Frohlich M., Hutter B., Paramasivam N., Richter D., Beck K., Winter U., Pfutze K., Heilig C.E., Teleanu V., Lipka D.B., Zapatka M., Hanf D., List C., Allgauer M., Penzel R., Ruter G., Jelas I., Hamacher R., Falkenhorst J., Wagner S., Brandts C.H., Boerries M., Illert A.L., Metzeler K.H., Westphalen C.B., Desuki A., Kindler T., Folprecht G., Weichert W., Brors B., Stenzinger A., Schrock E., Hubschmann D., Horak P., Heining C., Frohling S.Glimm H. "Comprehensive genomic and epigenomic analysis in cancer of unknown primary guides molecularly-informed therapies despite heterogeneity." Nat Commun. (2022) 13(1):4485.
  • Meier, R., Greve G., Zimmer D., Bresser H., Berberich B., Langova R., Stomper J., Rubarth A., Feuerbach L., Lipka D.B., Hey J., Gruning B., Brors B., Duyster J., Plass C., Becker H.Lubbert M. "The antileukemic activity of decitabine upon PML/RARA-negative AML blasts is supported by all-trans retinoic acid: in vitro and in vivo evidence for cooperation." Blood Cancer J. (2022) 12(8):122.
  • Maron, R.C., Hekler A., Haggenmuller S., von Kalle C., Utikal J.S., Muller V., Gaiser M., Meier F., Hobelsberger S., Gellrich F.F., Sergon M., Hauschild A., French L.E., Heinzerling L., Schlager J.G., Ghoreschi K., Schlaak M., Hilke F.J., Poch G., Korsing S., Berking C., Heppt M.V., Erdmann M., Haferkamp S., Schadendorf D., Sondermann W., Goebeler M., Schilling B., Kather J.N., Frohling S., Lipka D.B., Krieghoff-Henning E.Brinker T.J. "Model soups improve performance of dermoscopic skin cancer classifiers." Eur J Cancer. (2022) 173:307-316.
  • Heilig, C.E., Lassmann A., Mughal S.S., Mock A., Pirmann S., Teleanu V., Renner M., Andresen C., Kohler B.C., Aybey B., Bauer S., Siveke J.T., Hamacher R., Folprecht G., Richter S., Schrock E., Brandts C.H., Ahrens M., Hohenberger P., Egerer G., Kindler T., Boerries M., Illert A.L., von Bubnoff N., Apostolidis L., Jost P.J., Westphalen C.B., Weichert W., Keilholz U., Klauschen F., Beck K., Winter U., Richter D., Mohrmann L., Bitzer M., Schulze-Osthoff K., Brors B., Mechtersheimer G., Kreutzfeldt S., Heining C., Lipka D.B., Stenzinger A., Schlenk R.F., Horak P., Glimm H., Hubschmann D.Frohling S. "Gene expression-based prediction of pazopanib efficacy in sarcoma." Eur J Cancer. (2022) 172:107-118.
  • Hauser, K., Kurz A., Haggenmuller S., Maron R.C., von Kalle C., Utikal J.S., Meier F., Hobelsberger S., Gellrich F.F., Sergon M., Hauschild A., French L.E., Heinzerling L., Schlager J.G., Ghoreschi K., Schlaak M., Hilke F.J., Poch G., Kutzner H., Berking C., Heppt M.V., Erdmann M., Haferkamp S., Schadendorf D., Sondermann W., Goebeler M., Schilling B., Kather J.N., Frohling S., Lipka D.B., Hekler A., Krieghoff-Henning E.Brinker T.J. "Explainable artificial intelligence in skin cancer recognition: A systematic review." Eur J Cancer. (2022) 167:54-69.
  • Harrison, C., Heidel F.H., Vannucchi A.M., Kiladjian J.J., Hayat A., Passamonti F., Conneally E., Kindler T., Martino B., Lipka D.B., Stefanelli T., Roussou P., Germano D., Ewan J.Ribrag V. "A Phase Ib Dose-finding Study of Panobinostat and Ruxolitinib in Myelofibrosis." Hemasphere. (2022) 6(8):e757.
  • Dietlein, N., Wang X., Metz J., Disson O., Shang F., Beyersdorffer C., Rodriguez Correa E., Lipka D.B., Begus-Nahrmann Y., Kosinsky R.L., Johnsen S.A., Lecuit M., Hofer T.Rodewald H.R. "Usp22 is an intracellular regulator of systemic emergency hematopoiesis." Sci Immunol. (2022) 7(78):eabq2061.
  • Niger M., Nichetti F., Casadei-Gardini A., Morano F., Pircher C., Tamborini E., Perrone F., Canale M., Lipka D.B., Vingiani A., Agnelli L., Dobberkau A., Hullein J., Korell F., Heilig C.E., Pusceddu S., Corti F., Droz M., Ulivi P., Prisciandaro M., Antista M., Bini M., Cattaneo L., Milione M., Glimm H., Kohler B.C., Pruneri G., Hubschmann D., Frohling S., Mazzaferro V., Pietrantonio F., Di Bartolomeo M., de Braud F. MGMT inactivation as a new biomarker in patients with advanced biliary tract cancers. Mol Oncol. (2022);16(14):2733-46.
  • Mohrmann L., Werner M., Oles M., Mock A., Uhrig S., Jahn A., Kreutzfeldt S., Frohlich M., Hutter B., Paramasivam N., Richter D., Beck K., Winter U., Pfutze K., Heilig C.E., Teleanu V., Lipka D.B., Zapatka M., Hanf D., List C., Allgauer M., Penzel R., Ruter G., Jelas I., Hamacher R., Falkenhorst J., Wagner S., Brandts C.H., Boerries M., Illert A.L., Metzeler K.H., Westphalen C.B., Desuki A., Kindler T., Folprecht G., Weichert W., Brors B., Stenzinger A., Schrock E., Hubschmann D., Horak P., Heining C., Frohling S., Glimm H. Comprehensive genomic and epigenomic analysis in cancer of unknown primary guides molecularly-informed therapies despite heterogeneity. Nature Communications. (2022);13(1):4485
  • Czeh M., Stable S., Kramer S., Tepe L., Talyan S., Carrelha J., Meng Y., Heitplatz B., Schwabenland M., Milsom M.D., Plass C., Prinz M., Schlesner M., Andrade-Navarro M.A., Nerlov C., Jacobsen S.E.W., Lipka D.B., Rosenbauer F. DNMT1 Deficiency Impacts on Plasmacytoid Dendritic Cells in Homeostasis and Autoimmune Disease. J Immunol. (2022);208(2):358-70.
  • Bogeska R., Mikecin A.M., Kaschutnig P., Fawaz M., Buchler-Schaff M., Le D., Ganuza M., Vollmer A., Paffenholz S.V., Asada N., Rodriguez-Correa E., Frauhammer F., Buettner F., Ball M., Knoch J., Stable S., Walter D., Petri A., Carreno-Gonzalez M.J., Wagner V., Brors B., Haas S., Lipka D.B., Essers M.A.G., Weru V., Holland-Letz T., Mallm J.P., Rippe K., Kramer S., Schlesner M., McKinney Freeman S., Florian M.C., King K.Y., Frenette P.S., Rieger M.A., Milsom M.D. Inflammatory exposure drives long-lived impairment of hematopoietic stem cell self-renewal activity and accelerated aging. Cell Stem Cell. (2022);29(8):1273-84 e8.

 

2021:

  • Schonung M., Meyer J., Nollke P., Olshen A.B., Hartmann M., Murakami N., Wakamatsu M., Okuno Y., Plass C., Loh M.L., Niemeyer C.M., Muramatsu H., Flotho C., Stieglitz E., Lipka D.B. International Consensus Definition of DNA Methylation Subgroups in Juvenile Myelomonocytic Leukemia. Clin Cancer Res. (2021);27(1):158-68.
  • Schonung M., Hess J., Bawidamann P., Stable S., Hey J., Langstein J., Assenov Y., Weichenhan D., Lutsik P., Lipka D.B. AmpliconDesign - an interactive web server for the design of high-throughput targeted DNA methylation assays. Epigenetics. (2021);16(9):933-9.
  • Zanetti, C., Kumar R., Ender J., Godavarthy P.S., Hartmann M., Hey J., Breuer K., Weissenberger E.S., Minciacchi V.R., Karantanou C., Gu Z., Roberts K.G., Metzler M., Stock W., Mullighan C.G., Bloomfield C.D., Filmann N., Bankov K., Hartmann S., Hasserjian R.P., Cousins A.F., Halsey C., Plass C., Lipka D.B.Krause D.S. "The age of the bone marrow microenvironment influences B-cell acute lymphoblastic leukemia progression via CXCR5-CXCL13." Blood. (2021) 138(19):1870-1884.
  • Scheller M., Ludwig A.K., Göllner S., Rohde C., Krämer S., Stäble S., Janssen M., Müller J.-A., He L., Bäumer N., Arnold C., Gerß J., Schönung M., Thiede C., Niederwieser C., Niederwieser D., Serve H., Berdel W.E., Thiem U., Hemmerling I., Leuschner F., Plass C., Schlesner M., Zaugg J., Milsom M.D., Trumpp A., Pabst C., Lipka D.B., Müller-Tidow C. Hotspot DNMT3A mutations in clonal hematopoiesis and acute myeloid leukemia sensitize cells to azacytidine via viral mimicry response. Nature Cancer. (2021);2(5):527-44.
  • Niemoller C., Wehrle J., Riba J., Claus R., Renz N., Rhein J., Bleul S., Stosch J.M., Duyster J., Plass C., Lutsik P., Lipka D.B., Lubbert M., Becker H. Bisulfite-free epigenomics and genomics of single cells through methylation-sensitive restriction. Commun Biol. (2021);4(1):153.
  • Niemeyer C.M., Flotho C., Lipka D.B., Starý J., Rössig C., Baruchel A., Klingebiel T., Micalizzi C., Michel G., Nysom K., Rives S., Schmugge Liner M., Zecca M., Schönung M., Baumann I., Nöllke P., Benettaib B., Biserna N., Poon J., Simcock M., Patturajan M., Menezes D., Gaudy A., Van Den Heuvel-Eibrink M.M., Locatelli F. Response to upfront azacitidine in juvenile myelomonocytic leukemia in the AZA-JMML-001 trial. Blood Advances. (2021);5(14):2901-8.
  • Horak P., Heining C., Kreutzfeldt S., Hutter B., Mock A., Hullein J., Frohlich M., Uhrig S., Jahn A., Rump A., Gieldon L., Mohrmann L., Hanf D., Teleanu V., Heilig C.E., Lipka D.B., Allgauer M., Ruhnke L., Lassmann A., Endris V., Neumann O., Penzel R., Beck K., Richter D., Winter U., Wolf S., Pfutze K., Georg C., Meissburger B., Buchhalter I., Augustin M., Aulitzky W.E., Hohenberger P., Kroiss M., Schirmacher P., Schlenk R.F., Keilholz U., Klauschen F., Folprecht G., Bauer S., Siveke J.T., Brandts C.H., Kindler T., Boerries M., Illert A.L., von Bubnoff N., Jost P.J., Spiekermann K., Bitzer M., Schulze-Osthoff K., von Kalle C., Klink B., Brors B., Stenzinger A., Schrock E., Hubschmann D., Weichert W., Glimm H., Frohling S. Comprehensive Genomic and Transcriptomic Analysis for Guiding Therapeutic Decisions in Patients with Rare Cancers. Cancer Discovery. (2021);11(11):2780-95.

 

2020:

  • Wierzbinska J.A., Toth R., Ishaque N., Rippe K., Mallm J.P., Klett L.C., Mertens D., Zenz T., Hielscher T., Seifert M., Kuppers R., Assenov Y., Lutsik P., Stilgenbauer S., Roessner P.M., Seiffert M., Byrd J., Oakes C.C., Plass C. and Lipka D.B. Methylome-based cell-of-origin modeling (Methyl-COOM) identifies aberrant expression of immune regulatory molecules in CLL. Genome Med (2020);12(1):29.
  • Sill M., Plass C., Pfister S.M. and Lipka D.B. Molecular tumor classification using DNA methylome analysis. Hum Mol Genet (2020).
  • Mayakonda A., Schonung M., Hey J., Batra R.N., Feuerstein-Akgoz C., Kohler K., Lipka D.B., Sotillo R., Plass C., Lutsik P., Toth R. Methrix: an R/bioconductor package for systematic aggregation and analysis of bisulfite sequencing data. Bioinformatics. 2020.
  • Heilig C.E., Horak P., Lipka D.B., Mock A., Uhrig S., Kreutzfeldt S., Richter S., Gieldon L., Frohlich M., Hutter B., Hubschmann D., Teleanu V., Schmier J.W., Philipzen J., Beuthien-Baumann B., Schrock E., von Deimling A., Bauer S., Heining C., Mechtersheimer G., Stenzinger A., Brors B., Wardelmann E., Glimm H., Hartmann W. and Frohling S. Germline SDHB-inactivating mutation in gastric spindle cell sarcoma. Genes Chromosomes Cancer (2020);59(10):601-608.

 

2019:

  • Schubert C., Allhoff M., Tillmann S., Maie T., Costa I.G., Lipka D.B., Schemionek M., Feldberg K., Baumeister J., Brummendorf T.H., Chatain N. and Koschmieder S. Differential roles of STAT1 and STAT2 in the sensitivity of JAK2V617F- vs. BCR-ABL-positive cells to interferon alpha. J Hematol Oncol (2019);12(1):36.
  • Orouji E., Federico A., Larribere L., Novak D., Lipka D.B., Assenov Y., Sachindra S., Huser L., Granados K., Gebhardt C., Plass C., Umansky V. and Utikal J. Histone methyltransferase SETDB1 contributes to melanoma tumorigenesis and serves as a new potential therapeutic target. Int J Cancer (2019);145(12):3462-3477.
  • Krombholz C.F., Gallego-Villar L., Sahoo S.S., Panda P.K., Wlodarski M.W., Aumann K., Hartmann M., Lipka D.B., Daskalakis M., Plass C., Niemeyer C.M., Erlacher M. and Flotho C. Azacitidine is effective for targeting leukemia-initiating cells in juvenile myelomonocytic leukemia. Leukemia (2019);33(7):1805-1810.
  • Goeppert B., Toth R., Singer S., Albrecht T., Lipka D.B., Lutsik P., Brocks D., Baehr M., Muecke O., Assenov Y., Gu L., Endris V., Stenzinger A., Mehrabi A., Schirmacher P., Plass C., Weichenhan D. and Roessler S. Integrative Analysis Defines Distinct Prognostic Subgroups of Intrahepatic Cholangiocarcinoma. Hepatology (2019);69(5):2091-2106.
  • Garg S., Reyes-Palomares A., He L., Bergeron A., Lavallee V.P., Lemieux S., Gendron P., Rohde C., Xia J., Jagdhane P., Muller-Tidow C., Lipka D.B., Imren S., Humphries R.K., Waskow C., Vick B., Jeremias I., Richard-Carpentier G., Hebert J., Sauvageau G., Zaugg J.B., Barabe F. and Pabst C. Hepatic leukemia factor is a novel leukemic stem cell regulator in DNMT3A, NPM1, and FLT3-ITD triple-mutated AML. Blood (2019);134(3):263-276.

 

2018:

  • Schlereth K., Weichenhan D., Bauer T., Heumann T., Giannakouri E., Lipka D., Jaeger S., Schlesner M., Aloy P., Eils R., Plass C. and Augustin H.G. The transcriptomic and epigenetic map of vascular quiescence in the continuous lung endothelium. Elife (2018);7.
  • Lipka D.B., Lutsik P. and Plass C. From Basic Knowledge to Effective Therapies. Cancer Cell (2018);34(6):871-873.
  • Langstein J., Milsom M.D. and Lipka D.B. Impact of DNA methylation programming on normal and pre-leukemic hematopoiesis. Semin Cancer Biol (2018);51:89-100.
  • Grigoryan A., Guidi N., Senger K., Liehr T., Soller K., Marka G., Vollmer A., Markaki Y., Leonhardt H., Buske C., Lipka D.B., Plass C., Zheng Y., Mulaw M.A., Geiger H. and Florian M.C. LaminA/C regulates epigenetic and chromatin architecture changes upon aging of hematopoietic stem cells. Genome Biol (2018);19(1):189.

 

2017:

  • Stieglitz E., Mazor T., Olshen A.B., Geng H., Gelston L.C., Akutagawa J., Lipka D.B., Plass C., Flotho C., Chehab F.F., Braun B.S., Costello J.F. and Loh M.L. Genome-wide DNA methylation is predictive of outcome in juvenile myelomonocytic leukemia. Nat Commun (2017);8(1):2127.
  • Lipka D.B., Witte T., Toth R., Yang J., Wiesenfarth M., Nollke P., Fischer A., Brocks D., Gu Z., Park J., Strahm B., Wlodarski M., Yoshimi A., Claus R., Lubbert M., Busch H., Boerries M., Hartmann M., Schonung M., Kilik U., Langstein J., Wierzbinska J.A., Pabst C., Garg S., Catala A., De Moerloose B., Dworzak M., Hasle H., Locatelli F., Masetti R., Schmugge M., Smith O., Stary J., Ussowicz M., van den Heuvel-Eibrink M.M., Assenov Y., Schlesner M., Niemeyer C., Flotho C. and Plass C. RAS-pathway mutation patterns define epigenetic subclasses in juvenile myelomonocytic leukemia. Nat Commun (2017);8(1):2126.
  • Brocks D., Schmidt C.R., Daskalakis M., Jang H.S., Shah N.M., Li D., Li J., Zhang B., Hou Y., Laudato S., Lipka D.B., Schott J., Bierhoff H., Assenov Y., Helf M., Ressnerova A., Islam M.S., Lindroth A.M., Haas S., Essers M., Imbusch C.D., Brors B., Oehme I., Witt O., Lubbert M., Mallm J.P., Rippe K., Will R., Weichenhan D., Stoecklin G., Gerhauser C., Oakes C.C., Wang T. and Plass C. DNMT and HDAC inhibitors induce cryptic transcription start sites encoded in long terminal repeats. Nat Genet (2017);49(7):1052-1060.

 

2016:

  • Wilhelm T., Lipka D.B., Witte T., Wierzbinska J.A., Fluhr S., Helf M., Mucke O., Claus R., Konermann C., Nollke P., Niemeyer C.M., Flotho C. and Plass C. Epigenetic silencing of AKAP12 in juvenile myelomonocytic leukemia. Epigenetics (2016);11(2):110-9.
  • Slabicki M., Lee K.S., Jethwa A., Sellner L., Sacco F., Walther T., Hullein J., Dietrich S., Wu B., Lipka D.B., Oakes C.C., Mamidi S., Pyrzynska B., Winiarska M., Oles M., Seifert M., Plass C., Kirschfink M., Boettcher M., Golab J., Huber W., Frohling S. and Zenz T. Dissection of CD20 regulation in lymphoma using RNAi. Leukemia (2016);30(12):2409-2412.
  • Schworer S., Becker F., Feller C., Baig A.H., Kober U., Henze H., Kraus J.M., Xin B., Lechel A., Lipka D.B., Varghese C.S., Schmidt M., Rohs R., Aebersold R., Medina K.L., Kestler H.A., Neri F., von Maltzahn J., Tumpel S. and Rudolph K.L. Epigenetic stress responses induce muscle stem-cell ageing by Hoxa9 developmental signals. Nature (2016);540(7633):428-432.
  • Oakes C.C., Seifert M., Assenov Y., Gu L., Przekopowitz M., Ruppert A.S., Wang Q., Imbusch C.D., Serva A., Koser S.D., Brocks D., Lipka D.B., Bogatyrova O., Weichenhan D., Brors B., Rassenti L., Kipps T.J., Mertens D., Zapatka M., Lichter P., Dohner H., Kuppers R., Zenz T., Stilgenbauer S., Byrd J.C. and Plass C. DNA methylation dynamics during B cell maturation underlie a continuum of disease phenotypes in chronic lymphocytic leukemia. Nat Genet (2016);48(3):253-64.
  • Merkle R., Steiert B., Salopiata F., Depner S., Raue A., Iwamoto N., Schelker M., Hass H., Wasch M., Bohm M.E., Mucke O., Lipka D.B., Plass C., Lehmann W.D., Kreutz C., Timmer J., Schilling M. and Klingmuller U. Identification of Cell Type-Specific Differences in Erythropoietin Receptor Signaling in Primary Erythroid and Lung Cancer Cells. PLoS Comput Biol (2016);12(8):e1005049.
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Dokumente zur Beantragung des Zugriffs auf Daten der TCE im European Genome-Phenome Archive (EGA)

Software, Webtools & Analyseskripte

 

 

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