Um die Probenbearbeitung im Sample Processing Lab (SPL) des Heidelberger Zentrums für Personalisierte Onkologie (DKFZ-HIPO) und des Precision Oncology Program (NCT-POP) übersichtlicher und effizienter zu gestalten, hat die Medizininformatik der NCT Studienzentrale eine Datenbanksoftware auf Basis der MS SQL Server Technologie entwickelt.
Die Anforderungen an die Datenbank sind dabei an die Bedürfnisse des Labors angepasst und werden in enger Absprache mit den SPL-Mitarbeitern ständig weiterentwickelt und optimiert.
Die Software bildet die verschiedenen Teile der Arbeitsabläufe des SPL ab, wie z.B. die Probenverwaltung oder die strukturierte Erfassung der komplexen Arbeitsabläufe und der Ergebnisse der laborinternen Analysen (Abb. 1).
Des Weiteren übernimmt die Software die standardisierte Berechnungen von Volumina und Konzentrationen der Proben für nachfolgende Analysen nach hinterlegten und modifizierbaren Regeln, um den Arbeitsaufwand und Fehler zu minimieren (Abb. 2).
Ebenso stehen Projektstatistiken und Übersichtsreports aller erfassten Daten sowie ein automatisierter Etikettendruck (Abb. 3) zur Verfügung. Letzterer machte das manuelle Beschriften der Probenröhrchen überflüssig. Die Möglichkeit des automatischen Einlesens von Proben mittels Barcode-Scanner oder über einen Excel-Import gestaltet die Handhabung in der Praxis dabei einfach und übersichtlich, so dass die Software inzwischen routiniert im SPL verwendet wird.
Weitere Funktionalitäten der Datenbank sind aktuell in der Entwicklung. So wird zum Beispiel in naher Zukunft die Möglichkeit zur automatisierten Vergabe und Nachverfolgung der Probenlagerorte implementiert (Abb. 4).
SPL-Datenbank für die Probenbearbeitung im Rahmen von DKFZ-HIPO und NCT-POP
Abb. 2: Dokumentation von Probenbearbeitung und –analysen. Die Felder in grauer Schrift werden automatisiert berechnet (A). Die Berechnungsgrundlage aus Konstanten- und Formel-Sets wird zudem in Abhängigkeit vom Datum der Batcherstellung automatisch angepasst (B). Alle Tabellen können zudem in eine Excel-Arbeitsmappe exportiert und auch Daten aus Excel in die Datenbank importiert werden (C).
Abb. 3: Kalibrierung des Druckers vor dem Etikettendruck. Die Software erstellt nach Auswahl der jeweiligen Probe automatisiert den Inhalt des Probenetiketts. Mit Hilfe von Pfeiltasten kann die Ausrichtung der Schrift auf dem Etikett variiert werden. Ein- und zweidimensionale Barcodes ermöglichen das spätere automatisierte Einlesen der Probe.
Abb. 4: Zuordnung von Lagerorten. Neben der manuellen Eingabe eines Lagerortes kann das System eine oder parallel mehrere Proben (A) automatisiert der/den nächsten leeren Positionen/en einem Freezer-Lagersystem zuordnen (B). Hier kann man zudem vorgeben, in welchen Boxengrößen bestimmte Proben-/Analyt-Arten gelagert werden sollen (C).